Mutuelle d'assurances de référence des fonctionnaires, l'AMF entretient depuis sa création des liens forts avec ses partenaires métiers : AFCM et ACP. L'AFCM, qui a contribué à la conception de l'AMF, organise le cautionnement des Comptables publics et assimilés. Cette association agréée est sous la tutelle directe du Ministère des Finances. L'AMF travaille en étroite collaboration avec l'AFCM, pour la détermination des garanties protégeant les Comptables publics. Elle suit les évolutions de la classification des postes et des cautionnements. L'AMF recommande pour la protection efficace du risque pécuniaire de doubler le montant des capitaux exigés dans le cadre du cautionnement. L'AMF collabore également étroitement avec les Amicales Comptables (ACP, ANDAC) en vue d'organiser au mieux la défense des comptables mis en cause. L'AMF n'hésite pas à recourir aux analyses d'avocats aussi bien pour l'évaluation des garanties que pour confrontation des expertises à l'occasion de l'accompagnement des Comptables dans le cadre notamment des demandes de remises gracieuses. Par ailleurs, l'AMF entretient des relations de confiance avec de nombreuses Administrations comme la DGFIP, l'Education Nationale, et bien d'autres...
En signant des chartes de partenariat avec de nombreuses mutuelles santé de la Fonction Publique, l'AMF contribue au développement de la filiale AMF Assurances et son offre spécifique, avec des acteurs dont elle partage la philosophie d'action. L'AMF a tissé des liens privilégiés avec le Groupe Matmut depuis ces deux dernières années. Le partenariat qui a débuté avec des accords de réassurance s'est poursuivi avec la création de la filiale commune et a franchi une nouvelle étape avec la SGAM VIANA constituée notamment avec la Matmut.
L'AMF entretient une relation de confiance avec les différentes administrations intégrant des métiers comptables (DGFIP, Education Nationale...). Elle accompagne les évolutions des métiers et des risques découlant des réformes entreprises par les administrations afin de garantir au mieux les Comptables publics.